国家实验室：南京微结构国家实验室（筹）
国家重点实验室一览
| 名 称 | 单 位 |
| 固体微结构物理国家重点实验室 | 物理学院 |
| 计算机软件新技术国家重点实验室 | 计算机科学与技术系 |
| 现代配位化学国家重点实验室 | 化学化工学院 |
| 医药生物技术国家重点实验室 | 生命科学学院 |
| 内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室 | 地球科学与工程学院 |
| 污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建） | 环境学院 |
| 生命分析化学国家重点实验室 | 化学化工学院 |
国家工程技术研究中心：国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心
国家发展改革委国家地方联合工程研究中心
| 序号 | 名 称 | 院 系 | 负责人 |
| 1 | 半导体节能器件及材料国家地方联合工程研究中心 | 电子科学与工程学院 | 张荣 |
教育部重点实验室一览
| 名 称 | 单 位 |
| 海岸与海岛开发教育部重点实验室 | 地理与海洋科学学院 |
| 中尺度灾害性天气教育部重点实验室 | 大气科学学院 |
| 介观化学教育部重点实验室 | 化学化工学院 |
| 近代声学教育部重点实验室 | 电子科学与工程学院 |
| 现代天文与天体物理教育部重点实验室 | 天文与空间科学学院 |
| 模式动物与疾病研究教育部重点实验室 | 模式动物研究所 |
| 表生地球化学教育部重点实验室 | 地球科学与工程学院 |
| ***教育部重点实验室（B类） | 化学化工学院 |
江苏省重点（工程）实验室一览
| 名 称 | 单 位 |
| 江苏省纳米技术重点实验室 | 物理学院、化学化工学院、生命科学学院 |
| 江苏省光电信息功能材料重点实验室 | 物理学院 |
| 江苏省医学分子技术重点实验室 | 医学院 |
| 江苏省海岸与海岛开发重点实验室 | 地理与海洋科学学院 |
| 江苏省机动车尾气污染控制重点实验室 | 现代分析中心 |
| 江苏省电磁波先进调控技术重点实验室 | 电子科学与工程学院 |
| 江苏省非并网风电与高载能工程实验室 | 电子科学与工程学院 |
教育部工程中心
| 序号 | 名 称 | 院 系 | 负责人 |
| 1 | 教育部蛋白质与多肽新药工程中心 | 分子医学研究所 | 刘建宁 |
| 2 | 教育部水处理与水环境修复工程中心 | 环境学院 | 任洪强 |
环境保护部工程技术研究中心
| 序号 | 名 称 | 院 系 | 负责人 |
| 1 | 国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术研究中心 | 环境学院 | 张全兴 |
江苏省工程中心
| 序号 | 名 称 | 院 系 | 负责人 |
| 1 | 江苏省软件工程研究中心 | 计算机科学与技术系 | 陆桑璐 |
| 2 | 江苏省光通信系统与网络工程研究中心 | 工程管理学院 | 张旭苹 |
| 3 | 江苏省制冷新技术工程研究中心 | 物理学院 | 卢定伟 |
| 4 | 江苏省物流技术工程中心 | 工程管理学院 | 盛昭瀚 |
| 5 | 江苏省半导体节能器件及材料工程中心 | 电子科学与工程学院 | 张 荣 |
| 6 | 江苏省农村环境保护与生态修复工程中心 | 环境学院 | 孙 成 |
| 7 | 江苏省土地开发整理技术工程中心 | 地理与海洋科学学院 | 黄贤金 |
| 8 | 江苏省物联网测试与验证技术中心 | 计算机科学与技术系 | 陈力军 |
| 9 | 江苏省界面化学工程技术研究中心 | 化学化工学院 | 沈 健 |
| 10 | 江苏省生物质能源低碳综合利用工程技术研究中心 | 环境学院 | 陈泽智 |
| 11 | 江苏省小核糖核酸工程技术研究中心 | 生命科学学院 | 曾 科 |
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